Embora Mission Bay não seja o destino de mergulho mais cobiçado, é uma excelente opção de reserva, especialmente para aulas de mergulho em águas abertas quando o mar está agitado. A baía é protegida, o que proporciona águas calmas, mesmo que a visibilidade possa ser limitada. Os mergulhadores poderão ver robalos, escorpiões e raias, além de investigar as rochas dos quebra-mares em busca de polvos, lagostas, caranguejos e outros peixes pequenos.
