Mission Bay peut ne pas être le site de plongée le plus prisé, mais il représente une excellente option de repli, en particulier pour les cours de plongée en eau libre. Protégée des vagues, la baie offre des eaux calmes, bien que la visibilité soit limitée. Les plongeurs y rencontreront des poissons-loups, des sculpins et des raies, et pourront explorer les rochers des jetées à la recherche de pieuvres, de homards, de crabes et d'autres petites espèces marines.
