Mission Bay no es el lugar de buceo más popular, pero es una buena opción de respaldo, especialmente para clases de aguas abiertas cuando el oleaje es demasiado fuerte. La bahía está protegida, lo que significa que las aguas suelen ser tranquilas, aunque la visibilidad no siempre es óptima. Aquí podrás ver lubinas, escorpenas y rayas, además de investigar entre las rocas de los espigones en busca de pulpos, langostas, cangrejos y otros peces pequeños.
